Il est difficile d'imaginer aujourd'hui que la musique de J. S. Bach est tombée dans l'oubli pendant près d'un demi-siècle après la mort du compositeur. Ses successeurs à la Thomaskirche préféraient des compositions homophoniques plus simples et, au début du XIXe siècle, sa musique n'était plus qu'un sujet d'étude académique. Le compositeur et professeur Carl Friedrich Zelter appréciait beaucoup l'art contrapuntique de Bach et le transmit à son élève Felix Mendelssohn qui, à l'âge de douze ans, était déjà passé maître dans l'art de la fugue. Deux ans plus tard, le jeune Felix devait recevoir son cadeau le plus précieux, une partition copiée à la main de la Passion selon saint Matthieu de Bach. Avec Zelter à ses côtés, il en donna la première exécution (depuis la mort de Bach) en 1829 avec des musiciens de la Singakademie de Berlin.

C'était une entreprise ambitieuse, non seulement en raison de la complexité de la musique de Bach, mais aussi à cause de la méconnaissance à cette époque des pratiques d'exécution baroques (taille de l'instrumentation, instruments baroques, ornementation, etc.Douze ans plus tard, Mendelssohn tenta à nouveau d'interpréter la "grande musique de la Passion", comme il l'appelait, cette fois dans le cadre d'une série d'œuvres de Bach à la Thomaskirche de Leipzig. Pour cette interprétation, il rétablit un certain nombre d'arias qu'il avait supprimées en 1829 et révisa les récitatifs secco de manière à ce qu'aucun instrument à clavier ne soit nécessaire. Cette version de 1841 suivait toujours une conception plus courte de l'œuvre et comprenait environ les deux tiers de l'original, soit à peu près la même taille que la Passion selon saint Jean. Ce que Mendelssohn a laissé à sa mort quelques années plus tard doit être considéré comme une "version en cours" sur laquelle il avait certainement l'intention de continuer à travailler.

La nouvelle édition Bärenreiter revient sur la vision unique que Mendelssohn avait du chef-d'œuvre de Bach. En rassemblant ce que Mendelssohn avait esquissé et en incluant des compléments à certaines parties par l'éditeur, l'œuvre est maintenant présentée dans sa forme réduite, avec la partie révisée de l'Évangéliste (dans les récitatifs secco avec accompagnement orchestral), avec des clarinettes remplaçant le hautbois d'amour, et avec une suggestion pour la partie de basse continue manquante (qui avait été commencée pour l'orgue de la Thomaskirche mais qui est restée inachevée ou a été perdue). La nouvelle édition montre non seulement la réinterprétation imaginative de l'original par Mendelssohn, mais aussi la polyvalence de la musique de Bach entre ses mains. À une époque où Bach est joué presque exclusivement par des ensembles baroques, elle leur donne l'occasion d'interpréter l'une des plus grandes œuvres de Bach dans une perspective du XIXe siècle.